理研植物メタボロームメタデータベース

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BFO http://metadb.riken.jp/pmm/ontology/BFO: The Basic Formal Ontology (BFO)
(Original site: http://ifomis.uni-saarland.de/bfo/)
BIBO http://metadb.riken.jp/pmm/ontology/BIBO: Bibliographic Ontology
(Original site: http://bibliontology.com/)
CELL http://metadb.riken.jp/pmm/ontology/CELL: CELL
CHMO http://metadb.riken.jp/pmm/ontology/CHMO: Chemical Methods Ontology
(Original site: http://purl.obolibrary.org/obo/chmo.owl)
ChEBI http://metadb.riken.jp/pmm/ontology/ChEBI: Chemical Entities of Biological Interest (ChEBI)
(Original site: http://www.ebi.ac.uk/chebi/)
DDBJ-DRA http://metadb.riken.jp/pmm/ontology/DDBJ-DRA: DDBJ-DRA
EFO http://metadb.riken.jp/pmm/ontology/EFO: Experimental Factor Ontology
(Original site: https://www.ebi.ac.uk/efo/)
ENVO http://metadb.riken.jp/pmm/ontology/ENVO: Environment Ontology
(Original site: http://purl.bioontology.org/ontology/ENVO)
EO http://metadb.riken.jp/pmm/ontology/EO: Plant Environment Ontology
FALDO http://metadb.riken.jp/pmm/ontology/FALDO: Feature Annotation Location Description Ontology
(Original site: https://github.com/JervenBolleman/FALDO)
GO http://metadb.riken.jp/pmm/ontology/GO: Gene Ontology (GO)
(Original site: http://geneontology.org)
GR_tax http://metadb.riken.jp/pmm/ontology/GR_tax: Gramine Taxonomy Ontology
IAO http://metadb.riken.jp/pmm/ontology/IAO: Information Artifact Ontology
(Original site: http://purl.obolibrary.org/obo/iao)
ISA http://metadb.riken.jp/pmm/ontology/ISA: Investigation/Study/Assay
(Original site: http://isa-tools.org/)
LU http://metadb.riken.jp/pmm/ontology/LU: Left Unit Ontology
(Original site: http://metadb.riken.jp/db/LU)
MCCV http://metadb.riken.jp/pmm/ontology/MCCV: Microbial Culture Collection Vocabulary (MCCV)
(Original site: http://bioportal.bioontology.org/ontology/MCCV?p=classes&conceptid=root)
MEO http://metadb.riken.jp/pmm/ontology/MEO: Metagenome and Microbes Environmental Ontology
(Original site: http://bioportal.bioontology.org/ontologies/MEO)
MMO http://metadb.riken.jp/pmm/ontology/MMO: Measurement Method Ontology
(Original site: http://sourceforge.net/projects/phenoonto/)
MPO http://metadb.riken.jp/pmm/ontology/MPO: Microbial Phenotype Ontology (MPO)
(Original site: http://bioportal.bioontology.org/ontologies/MPO/?p=summary)
NCBITaxon http://metadb.riken.jp/pmm/ontology/NCBITaxon: NCBI Organismal Classification (NCBITaxon)
(Original site: http://wiki.obofoundry.org/wiki/index.php/NCBITaxon:Main_Page)
OBI http://metadb.riken.jp/pmm/ontology/OBI: Ontology for Biomedical Investigations
(Original site: http://purl.obolibrary.org/obo/obi)
PATO http://metadb.riken.jp/pmm/ontology/PATO: Phenotypic Quality (PATO)
(Original site: http://wiki.obofoundry.org/wiki/index.php/PATO:Main_Page)
PCT http://metadb.riken.jp/pmm/ontology/PCT: PCT
PO http://metadb.riken.jp/pmm/ontology/PO: Plant Ontology
(Original site: http://planteome.org)
RO http://metadb.riken.jp/pmm/ontology/RO: OBO-relation ontology (RO)
(Original site: https://code.google.com/p/obo-relations/)
SIO http://metadb.riken.jp/pmm/ontology/SIO: Semanticscience Integrated Ontology
(Original site: http://semanticscience.org)
SO http://metadb.riken.jp/pmm/ontology/SO: The Sequence Ontology
(Original site: http://www.sequenceontology.org/)
STATO http://metadb.riken.jp/pmm/ontology/STATO: Statistics Ontology
(Original site: http://stato-ontology.org/)
TO http://metadb.riken.jp/pmm/ontology/TO: Trait Ontology (TO)
UO http://metadb.riken.jp/pmm/ontology/UO: Units of Measurement (UO)
(Original site: https://code.google.com/p/unit-ontology/)

理研メタデータベースについて

理研メタデータベースは、理研の成果をより広く研究者の方に活用していただくことを目的に、理研の研究者が公開するデータベースのメタデータを体系的に整理して公開するサービスです。

本データベースでは、メタデータの世界標準技術であるセマンティックウエブやResource Description Framework(RDF)と呼ぶ枠組みに基づいて生命科学系データを公開しています。

W3C Dataset Descriptions: HCLS Community Profile

HCLSProfile_MataDB_ALL.ttl

理研ライフ系データベース基盤の長期的な方向性に関する提言 (最終報告)

理研のバイオインフォマティクスに関する技術検討を行うバイオインフォマティクス検討委員会内に設置された「データベース作業部会」において、理研のデータベースやメタデータ整備に関わる方向性や実施指針が議論されてまいりました。その議論の結果が、「理研ライフ系データベース基盤の長期的な方向性に関する提言（最終提言）」としてまとめられました。理研メタデータベースはこの提言に基づいて開発され公開されています。

PDFファイルのダウンロードはこちらです: LongTermRecommendataions_j.pdf

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